知识产权可以反复地转让，而且派生性物权、物权人及其物权关系非常隐蔽与复杂，物权变动过程中给予善意占有人善意占有甚至于善意取得留下了想象的空间。
他物权式善意的占有，与自物权式善意的占有，一大区别在于：前者是非以合理的价格形成的占有，故取得占有物或者占有权利之所有权的机会很少；后者是以合理的价格形成的占有，故取得占有物或者占有权利的机会很多。
关于善意占有的推定，我们应当运用系统论的思维方法进行辩证的深入浅出的推定，打破仅推定所有权占有性质的形而上学办法，对于应当推定而未推定的物权对象一一加以平等对待。因为用益物权、担保物权和派生性他物权等他物权也是一种财产权，同样地需要得到甄别与保护。
3、两种善意占有组成的占有关系
两种善意占有组成的占有关系，是指自物权式善意的占有与他物权式善意的占有组成的占有关系。其特点是“一荣俱荣”或者“一损俱损”。
指自物权式善意的占有与他物权式善意的占有组成的占有关系成立后，总体上说，其中的利害关系人包括自物权式善意占有人、他物权式善意占有人和有权占有人、恶意处分人。当后两种关系人不与前两种关系人发生占有纠纷时，占有关系可以照常进行。否则，就有可能终止占有关系。
自物权式善意的占有的弱点在于，善意占有人基于善意取得制度而取得的所有权，属于亚种所有权，完全是有瘕疵的所有权。自物权式善意占有平安无事时，他物权式善意占有也会相安无事。但是，自物权式善意占有有事、崩溃时，他物权式善意占有也会有事、崩溃。
正常情势下，正常的所有权与正常的他物权产生占有关系，所有权自身一般不会因外力作用而出事和崩溃，与他物权人构成的占有关系能够平稳过渡。
非正常情势下，非正常的所有权与非正常的他物权产生占有关系，所有权自身一般会因外力作用而出事和崩溃，与他物权人构成的占有关系不能够平稳过渡。
以上阐述，是从单一的自物权式善意的占有和单一的他物权式善意的占有进行简单阐述的。
当自物权式善意占有与他物权式善意占有，一并发生直接占有与间接占有、自主占有与他主占有等混合关系后，表面上平静的占有关系有时候也会泛起涟漪。
倘若自物权式善意的占有崩溃，他物权式善意的占有也会跟着崩溃。而且这样的崩溃是彻底的崩溃，自物权式善意的占有会归于消灭，他物权式善意的占有同样会跟着归于消灭，两者之间的占有关系同样会归于消灭，而且再也没有翻身的机会。
比如说，当自物权式善意占有与他物权式善意占有形成占有关系后，公安机关或者法院追究盗贼的法律责任，一直从恶意处分人追溯到善意取得人和善意取得人后面的善意占有人，在三人合力返还原物后，自物权式善意占有彻底崩溃时，他物权式善意占有跟着一同彻底崩溃，两者之间的占有关系紧接着彻底崩溃。
通过反复比较分析，所谓善意取得制度和善意占有制度，只不过是权宜之计，一般是临时性的占有保护制度。对于有的当事人的占有事实甚至占有的权利，只能保证其初一，不能保证其十五。
关于善意占有的行为导致被占有物而遭受物的损害是否承担责任的问题，这是本条款的一个核心问题。
本条款明确规定了“恶意占有人应当承担赔偿责任”，对于善意占有人是否承担责任，则未作具体规定。这种规定，是参照传统的普通物权法的精神制定的，具有一定的弹性空间，可能需要按照具体事由具体对待。
本条款并没有明确规定善意占有人一定不承担赔偿责任，可能存在一些技术瓶颈问题，也不好搞一刀切式的规定。
二、自物权善意的占有
自物权善意的占有，指当事人的行为对他人的财产所有权构成侵害，本义上是无权源占有该物的，但限于善意的合理侵害、合理损耗的方式与范围之内，一般可以不承担赔偿责任。占有人返还原物的义务和返还原物的责任，是两种不同性质、内容、形式、效力的占有类型，同样需要区别对待。
制度物权法、担保物权法与普通物权法关于占有关系性质的推定，在某些场合下可能有些许的差异，需要对于自物权善意的占有适当地作出一些物权化调整。
自物权，一般指不动产或动产之所有权，知识产权、无形资产的自物权也可比照所有权的办法认定。
善意的占有，指当事人所占有的标的物或者某些特定的权利，本意上是无瘕疵和向善的，行为上并无可苛责之处，基本上符合法律规范与道德规范的客观要求。自物权善意的占有，限于对他人的财产所有权善意的合理侵害、合理损耗的方式与范围之内，当事人不得任意扩大侵害与损害范围，否则，蜕变为恶意占有时需承担一定的赔偿责任。
占有，指当事人对于他人财产所有权的取代性支配、管领、控制和持有、管有，事实上有取代他人的财产所有权之迹象，构成了对于他人行使所有权一定程度上的妨碍或者妨害。
广义的占有，还包括对财产的“占有—使用—收益—处分”等一条龙连锁占有行为，占有人行使的权能项目越多，自己得益越全，对于他人行使所有权的妨碍或者妨害程度越深。
深入理解本条款，应当加以说明的是有四个问题：
其一，善意占有人的权利主要是所有权式之物上权。
遵循善意取得的规则，符合法定要件和事实要件的，善意占有人可以依法取得占有物或者权利的所有权（或者权利中的财产所有权）。这是一种高规格的占有形态，并不是所有的善意占有人都能够享受这样的权利。
外国立法例以及中国立法传统，一般采所有权限制论来解释善意占有人的权利。承认某些善意占有人的占有事实，与确认某些善意占有的占有权利，应当是两个方面的法律概念，不能混淆在一起模糊法律关系。
其二，善意占有的权能判定是一个重要标志。
按照占有的权能区分，善意占有分为全权能式占有与非全权能式占有。前者是所有权式或者自物权式占有，此外便是非所有权式或者他物权式占有。
所谓权能，系指占有人能够享有的占有权或者使用权、收益权、处分权。所有权是一种全权能的自物权，四项权能都能够依法取得、行使或者转移、变更、消灭。
所谓善意的占有，按照本条款内容的判断，实指善意占有人限于占有、使用两个权能的法律认可，并未认可收益、处分两个权能的善意占有。
其三，对于善意占有人损害赔偿的免责是有限度的。
依据本条款的规定，所谓“不动产或者动产受到损害”，指的是不动产或者动产因正常使用而发生的正常损耗和折旧的程度。
对应于此项内容，一般而论，善意占有人可以不负责此种损害赔偿义务。如果物的损耗不正常，或者超过折旧所能够承受的范围，善意占有人仍然需要承担赔偿责任。对于无偿享有的善意占有，一般需要善意占有人承担损害赔偿责任。
其四，善意的占有可以是双方的权利。
它可以是单向调节的，也可以是双向调节的。就是说，一般情势下，善意占有的主体与客体只有一对一单向组合，有的时候就不是这样的。如二对二组合、多对多组合，双方或者多方互为善意占有人，同时相互交换被占有物。
自物权善意的占有，分为不动产所有权善意的占有、动产所有权善意的占有、担保物权善意的占有三条思路来推定。其中，不动产所有权善意的占有，要注意是否与制度物权法的规定有牵连，如果有牵连，需要进一步依特别法或者专门法来推定。
普通物权法的一套推定办法，主要是针对无权占有中的善意占有与恶意占有行为不明确时所作出的推定，也就是主要针对动产占有关系不明确时所作出的推定。
其基本逻辑是：以无权占有人是否误信其占有为有权占有和无权占有为标准，可分为善意占有和恶意占有。善意占有是指占有人不知道或者应当不知道其无占有的权利而进行的占有。恶意占有是指占有人明知或者应当知道无占有的权利而进行的占有。
以上这种推定办法，在制度物权法中或者在不动产占有关系中往往是行不通的。如村民在自己的宅基地上盖五层的楼房，盖房屋前未经过县级以上房地产规划主管部门审核批准，明显的不符合土地与房屋建筑规划标准。
对于许多农民而言，真的谈得上“占有人不知道或者应当不知道其无占有的权利而进行的占有”，他们并不懂得什么地上权、地表权、地下权和地役权这些名堂，只知道自己的宅基地自己盖房子“是自己的自由”。如果说，按照普通物权法的推定办法，那么，许多的违章建筑就根本监管不了了。
三、他物权善意的占有
他物权善意的占有，指当事人的行为他物权人的物权构成侵害，本义上是无权占有该物的，但限于善意的合理侵害、合理损耗的方式与范围之内，可以不承担赔偿责任。
制度物权法、担保物权法与普通物权法关于占有关系性质的推定，在某些场合下可能有些差异，需要对于他物权善意的占有适当地作出一些物权化调整。
笔者认为从普通物权法来说，物权的等级可以划分为以下几个基本等级。
第一等级：所有权（自物
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