事中韩楫等50余人调离京城。之后，从庶吉士中补充了一些人进来，重建了言官队伍。后来又贬斥了一批尚书、巡抚级别的高官。可以说这是一次很彻底的大清洗，时人说：“一榜所黜皆高党！”
干掉了一批，就要选拔一批上来，不能不像样子，总要和“高党”比一比。安排内阁与各部首长也是一门艺术。如何医治政变留下的创伤，只有把有声望的人安排上来。
内阁里，次辅大臣高仪已经死了，张居正不能“独相”。 张居正选了礼部尚书吕调阳为次辅。吕调阳是个忠厚长者，选他入阁是动了点儿脑筋的。在这个平台上，不能允许有潜在的对手，哪怕现在还很弱小。夏言、严嵩、徐阶都各自有教训。他把别人拱翻，现在就要防止悲剧在自己身上发生。
吏部尚书由张瀚来担任，礼部尚书空缺由陆树声补上；兵部调来抗倭名将谭纶；户部用了王国光；刑部用了王之诰；工部朱衡与左都御史葛礼光留任。这些人都是素有清望的大臣。其中王之诰是张居正的亲家，但从不依附，颇得舆论欣赏。有这样一套班子，可谓声威赫赫，基本可以服众。