高拱身居内阁又兼任吏部尚书，在台上时自己的班底已经建得差不多。他倒台后，给张居正留下的是一个需要认真对付的文官队伍，这是一股很大的政治力量，不得不重视加以认真对待。
官员里永远有靠上窜下跳进谗言吃饭的家伙，其哲学概念就是“做糖不甜做醋酸”，建设性的事情做不来，毁人的事很拿手。高拱的门生韩楫就是一个。基本可以证明，高、张交恶，韩楫没少“做醋”。对这类人，张居正称之为“害政者”。“害政者”总是笑脸朝着有权势的人，屁股朝着没权势的人。高拱看到的都是可爱的笑脸，而张居正恰恰有幸看到了许多人的屁股。他说：“你们要换成笑脸也来不及了！‘二三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，’所谓‘芝兰当道，不得不锄’者。我就是要拔了你们这些仙人掌！”
就在这时，他不失时机地开始清理门户。隆庆六年六月，对南北两京四品以上官员进行考察。七月，对所有京官进行考察，因为锁定了目标，就不是泛泛的开大尾巴会、表言不由衷的态。两次大扫除，共斥退吏部员外郎穆文熙等30余人，并将吏部给
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