宗大为震恐、方寸大乱。为扑灭东南大火，徽宗紧急任命心腹权臣、知枢密院事童贯为东南宣抚使，调集原本集结北方、准备北伐辽国的数十万精锐禁军全线南下，倾尽全国主力镇压起义。
官军大举南下之际，方腊义军已然势不可挡、乘胜攻破杭州，占据东南第一重镇、威震江南。
战局关键之时，方腊战略决策出现重大失误。部下将领纷纷建言：即刻挥师北上、抢占长江重镇江宁（建康），控扼长江天险、阻断官军渡江、割据江南、持久立国。此策若成，北宋将彻底失去东南半壁、南北分裂、国运骤绝。
但方腊目光短浅、贪图近利、错失战机，执意主力南下掠地，放弃江北战略要点，先后攻取婺州、衢州、处州（今浙江丽水以西）等地，虽占地广阔、州县众多，却无天险屏障、无核心重镇、陷入被动分散的局面，为后续惨败埋下致命隐患。
宣和三年（1121年）正月，童贯统领数十万北宋精锐抵达江南，迅速抢占战略要地，先行扼守江宁、润州，彻底封锁长江防线、阻断义军北上通道、分割江南战局，牢牢掌握战争主动权。
正月下旬，方腊北上东路义军围攻秀州（今浙江嘉兴），久攻不下、师老兵疲。北宋东路官军适时赶到，与秀州守军内外夹击、合围义军，东路义军全线溃败、伤亡惨重，被迫退守杭州。
二月中旬，官军乘胜猛攻杭州，义军坚守不敌、城池陷落，东南核心重镇重回官军掌控，方腊起义由盛转衰、大势已去。
与此同时，西进、北上的西路义军接连在旌德、宁国、歙州遭遇惨败、节节败退、军心溃散。
同年三至四月，官军全线反攻、步步紧逼，接连收复衢州、婺州等大片州县，义军控制区域急剧萎缩、主力损耗殆尽，残余势力退守最初的起义根据地。
四月中旬，方腊放弃青溪县城，率残部退回西部深山帮源峒据险死守。东西两路官军合围深山、四面围剿、昼夜猛攻，历经数日血战，义军彻底战败、防线崩溃。
四月二十六日，北宋底层小军官韩世忠率敢死勇士深入深山、突袭巢穴，成功生擒方腊及其核心臣僚，轰轰烈烈的方腊主力起义正式覆灭。
义军残余部众依旧顽强抗争、转战浙东山野、分散游击、坚持抗官，直至同年八月，最后一支残余义军被官军剿灭，整场东南大起义才彻底终结。
方腊被俘后，被官军槛送汴京，宋徽宗下旨当众处斩，一代义军领袖慷慨赴死、血染京师。
宋江、方腊两大农民起义虽最终皆被北宋朝廷武力镇压、彻底平定，但大宋江山已然元气尽损、根基掏空、民心尽失。
历经连年战乱、军费耗竭、人口锐减、州县残破、民生凋敝，北宋国力跌至谷底。更为致命的是，惨烈民变并未唤醒腐朽的赵宋君臣，朝野上下毫无悔悟、不思革新、不惩奸佞、不罢苛政，依旧沉迷奢靡、党争不止、贪腐依旧、黑暗如故。
朝廷未曾反思花石纲之祸、公田酷法之弊、宦祸乱政之罪，未曾轻徭薄赋、安抚民心、整顿吏治、革新朝政，反而变本加厉、继续压榨百姓、粉饰太平、荒废边防。
轰轰烈烈的天下民变，终究未能唤醒沉沦末世的北宋王朝。方腊起义平定仅仅五年之后，靖康之变爆发，金兵南下、二帝北掳、北宋灭亡，数十年苛政积怨、民失其心、国失其本，最终酿成亡国巨祸。
北宋末年的南北大起义，既是底层百姓绝境求生的悲壮抗争，更是大宋王朝自毁江山、自取灭亡的历史终局。