我国产权交易制度的缺陷的核心是价格制度问题，突出表现在资源价格成本构成和价格形成机制两个方面。
其一，资源价格成本构成不完全，导致利益不合理分配。
目前我国资源企业的成本，一般都只包括资源的直接开采成本，而象矿业权有偿取得成本、环境治理和生态恢复成本等尚未体现，形成不完全的企业成本。
1、矿业权有偿取得成本，这包括前期勘探成本的合理分摊及开采成本：目前在我国矿业权取得环节上，大多数矿业企业的矿业权是无偿获取的。
据不完全统计，在2000个矿业企业中，通过市场机制有偿取得矿业权的仅有500个，其余1500个矿业企业则是通过以前行政划拨的无偿方式得到。
2、环境治理和生态恢复成本：绝大多数矿业企业没有将矿区环境治理和闭坑后的生态恢复等投入纳入生产成本。
例如，全国因露天开矿等累计压占土地面积1086万公顷，损害森林306万公顷，损害草地76万公顷，治理这些问题的费用未纳入其成本。
此外，还有安全成本、人工保障成本等，也未能完全体现。
资源价格形成机制不合理，扭曲社会不同利益群体的收入分配，在这方面，土地资源的情况最能说明问题，其弊端主要表现在如下三点：
1、资源价格该市场化的未市场化，导致价格的市场化形成部分占比偏低，这是资源价格形成机制最突出的问题。
截至1977年底，招，拍，挂出让土地面积占全部出让土地面积的比例只有35％。
特别是经营性土地该市场化而未市场化的问题比较突出，工业用地和经营性基础设施用地，大部未按市场机制运作。
2、已化与未化两部分并存，形成价格双轨制。
这种价格双轨制导致了套利的机会主义倾向：以非经营性用地的名义，通过协议出让甚至地方政府划拨方式，低价或无偿取得土地，之后再全部或部分转为经营性用地，套取高额的利润。
3、即使有偿交易部分，权力部门
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