然而为了防止敌对势力的渗透以及绕过当时的《联合国宪章》中具有强制性的关于限制军备的条款，这支部队的筹建工作一直处于对外保密状态。
联合国继续对许多苏联的文件、私人日记、录音谈话以及收缴物品进行研究，试图将所有搜集到的资料并入新的安全部队的组织结构中去，以便增进其军事实力以及工作效率。最终，这一秘密的安全部队成为了地球上装备最精良同时也是最有作战效率的军事组织，他们配备了世界上顶尖的科技装备以及来自原同盟军和苏军的装备。
在20世纪50年代末期，联合国提出了如何恰当地向这一秘密组织提供资金的计划。一份文件被提交给了联合国各成员国，其中提出了各国应该为这一黑色计划提供的金额以及应由那些军方人士管理。其中同时也描绘了他们支持的这一秘密安全部队，并规定了一些至今仍属于绝密档案的关于这支部队的方针和政策。安全部队在“E号行动组，9号秘密作战（Operations–Group－Echo，Black–Ops－9）”的代号下展开了活动。
然而数年之后，他们对类似国家内战、政变以及其他敏感政治事件的介入开始逐渐向外界暴露了他们的存在。大众传媒开始不断努力试图了解这一秘密组织属于谁或者到底是什么。一些媒体稍后开始散布并扭曲关于“O.G.E/B.O.9”的存在，称其与外星人以及不明飞行物有关联。尽管联合国继续否认这一组织的存在，然而继续掩盖已经走漏的消息开始变得越来越困难了。官方最终在险恶的“沙漠风暴”行动中宣布了“E号行动组，9号秘密作战”作为一支国际安全部队的存在。
当国际媒体发现了O.G.E/B.O.9对萨达姆·侯赛因的刺杀企图（试图通过秘密行动以阻止海湾战争的爆发）遭到了彻底的失败并损失了大批特工，使O.G.E/B.O.9在公众面前的首次亮相丢尽了颜面。而不久联合国又受到了新的压力。这次他们必须修改50年代以来的方针和政策，并对外公布这一组织的存在及其新的任务。
根据《联合国全球防御法案》（UNGDA），“GDI”、全称“全球主动防御组织”于1995年10月12日正式成立，联合国的声明如下：
“全球主动防御组织的组建是为了贯彻《联合国全球防御法案》，支持和推动联合国宪章框架内的理念和目标。”
其最高指挥官由美国准将马克·詹姆森·谢泼德担任。
将这一秘密组织从阴影中解放出来，使公众更直接地了解到了其活动的意义，使得臆断和谣言烟消云散，同时对联合国的安全部队的信任度也大大地增强。
在联合国宣布新的“全球主动防御组织”或者通称“GDI”成立之前若干年，一块奇异的陨石在意大利的台伯河(Tiber－River)附近坠落……
如果指挥官选择盟军阵营，欧洲同盟国（在德国将军冈瑟·冯·埃瑟林和希腊上校尼克斯·斯塔佛斯的英明领导下）将是苏联旗鼓相当的对手。两位指挥官在难以想象的人员损失和领土沦陷的情况下指挥军队抵抗了苏联侵略军数个月，企图使“中立”的联合国站在他们的一边一起对抗斯大林。在新的时间线里的天才科学家爱因斯坦的帮助下，他们获得了许多新的科技设备以扭转战争的局面，作为造成新的时间线的根源的超时空传送器就是其中之一，它有效地帮助同盟国突破了苏维埃的战争机器。
最终，由于欧洲同盟国的不懈努力对苏联大军的抵抗，同时由于联合国终于意识到欧洲只不过是斯大林的第一个目标，包括美利坚合众国、印度和日本等数个世界大国开始站在了苏联的对立面，并同欧洲的抵抗者结成了联盟。数个月以后，同盟军终于攻破了苏联的最后一道防线。斯大林在最后的莫斯科包围战中战死。
盟军最后攻克莫斯科，炸平了克里姆林宫后。一群盟军士兵在瓦砾中找到了奄奄一息的斯大林，盟军高级军官尼克斯·斯塔佛斯上校令下属离开，稍后斯大林被尼克斯·斯塔佛斯上校杀死，在这条时间线中没有人知道凯恩的来历和去向，接续的剧情是命令与征服的别转——红色警戒系列。
这里顺带说一下：若是苏联战败的话，那么苏联当局便会销毁掉许多东西，尤其是苏联的高科技的资料，比如猛犸坦克什么的。
而后来，美国总统迈克尔·杜根（Michael·Dugan）扶植自己的同学、当年的俄罗斯沙皇后裔亚历山大·罗曼诺夫（Alexander·Romanov）上位成为了苏联总理（结果后来玩脱了）。
罗曼诺夫当局暗中收集、复原并发展了斯大林时代的高科技，比如通过猛犸坦克的残余图纸资料，而开发出了天启坦克什么的。
另外，在苏联战败后，理所当然的被签署了一大堆不平等的“和平条约”，比如不得发展空军——不过基洛夫空艇是个例外——直到第二次红色大战（第三次世界大战）正式开启之时，苏联方才明目张胆的研究空军力量。
——而在另一条路线中，历经冷战并最终击败了苏联的、由盟军为主体改组成的全球主动防御组织（GDI）倒是获得了苏联的很多完整科技，比如GDI的猛犸坦克什么的。
历经血战，西欧诸国像历史上一样，都元气大伤。这时在战争后期放弃中立的美国大发战争财（且不像历史上有苏联和它争胜利果实），一下成了自由世界的领袖。美国派遣了大量驻俄部队，扶植了一个傀儡政权——罗曼诺夫总理，当了没有威胁的世界共产主义领袖。
但罗曼诺夫却有自己的秘密计划——复兴苏维埃。他任命二十年代斯大林秘密组建的心灵部队长官尤里为作战部长，建立了一支新的红军。许多前次战争中的苏军科技人员没有流失，这时他们又被组织起来，发明了V3、天启、新式铁幕、第二代核武器等一系列改进的和新研制的武器。最重要的当然是尤里的心灵作战部队。他秘密控制了所有驻苏美军，使他们的复兴计划没有暴露。
罗曼诺夫同志先是忍辱负重，凡事急美国之所急，使得苏联貌似成为了美国的小弟走狗，为了美国的利益而冲锋在前——这逐渐的麻痹了美国的警觉性。
直到70年代初，苏联的盟友墨西哥发生内乱，未等美国有所决议呢，苏联就乌啦啦火急火燎的赶紧出兵平叛，美国对此感到很满意，习惯性的忽视了墨西哥的苏联红军，直到1971年的一天，白宫的电话铃声突然响起。
也是伴随着这记电话铃声，基洛夫空艇遮挡住了阳光，阴影覆盖了自由女神像……
1971年，第三次超级世界大战，也即是第二次红色大战，开启！
随着时间的进步，大光头尤里同志跳了出来，表示：老子要日在地球！
身为斯大林时代便存在的心灵研究项目的负责人
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