军本人和一些重要大名也都被唐军控制住，而且初时唐军还只是大和兵团一个旅五千人的兵力，但随后唐军不仅在京都外围增兵。而且还将海军舰队拉到了濑户内海，在大阪的外围进行封锁。萨长同盟的海军不敢轻动，都躲在港口中不敢出航。
虽然唐军的实际兵力不多，但是战力强劲，倒幕军一接触唐军，往往就是遭遇到摧枯拉朽地攻势和反击，所以哪怕是一千人的唐军部队，倒幕军都感觉像是有一万人那么多。
实际倒幕军的实力也并不差，尤其是装备了数千新式火枪。拥有上百门火炮的新军部队，也按照比较新的组织模式编练起来，但是在战场上的灵活性还是比有着丰富经验的唐军差一些。再加上火力比较悬殊，所以虽然倒幕军有心拼一拼，但也没有太多办法。唐军先使用火炮跟倒幕军对轰，倒幕军的火炮性能和数量都要差一些，在布置炮兵阵地上更不如唐军有经验，很快就会被打懵，然后唐军就分成几股力量，冲击倒幕军的阵地。将倒幕军分割包围。就这么一个简单的战术，屡试不爽，倒幕军怎么打就是怎么输。
倒幕军也曾尝试使用骑兵冲锋之类的战术。可是无论是大和兵团还是德意志兵团，现在都已经装备上了一定数量的机枪，倒幕军的骑兵规模也不算大，冲锋的时候要遭遇唐军的小口径火炮和机枪的连环火力，基本上冲不到跟前就挂了。
在战场上的连连失败，也让萨长同盟清醒地认识到，他们是无法击败唐军的，唐军要求他们投降，其实某些角度来看也算是一种缓兵之计。因为从各种痕迹可以察觉到，唐军正在调兵遣将。如果萨长同盟的倒幕派拒绝了唐军的劝降，那么唐军就会对萨长发动最后的攻势。根据情报显示。就连九州岛海域，萨摩藩的地盘上，唐军的舰队也出现在外围，似乎随时准备对萨摩藩的老家发动进攻，这也让萨长同盟更加的恐慌。
尽管进行了一番挣扎，但无济于事。最终萨长同盟现实地选择了向唐军投降，驻扎在京都和大阪的倒幕军放下武器，成群结队的出
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