又返回上都。当时蒙古汗王对佛教、道教等不同派别的宗教，还能够比较公平地对待。所以，佛教与道教之间常发生辩论事件。为了解决此事蒙哥汗王命忽必烈主持并判定两派优劣，
1258年在上都的宫殿隆重举行了佛道辩论会，两派各参加十七人，佛教方以时年二十三岁的八思巴为首组成。其辩论以道教一方承认自己辩论失败而告终，十七名道士削发为僧，少许道观也随之改造成佛教寺院。
1260年，忽必烈继任蒙古汗位，立即封八思巴为国师，赐玉印。
1264年，忽必烈迁都大都（今北京），在中央政权内设置总制院，掌管全国佛教和藏族地区事务，又命八思巴以国师的身份兼管总制院事。
1265年，八思巴返回西藏，对萨迦寺进行了修缮，如新造佛像、灵塔，以及用金汁书写大量大藏经中的甘珠尔部。同时分别拜克什米尔班智达希达塔噶大巴札、罗沃译师喜饶仁钦、纳塘堪钦青南喀札第二十多位大师为师，研习修教因明学、显宗理论和密宗修持等佛教教理仪轨，以及藏族传统文化五明学等知识。八思巴此次回藏居留三年，其间还奉忽必烈之命创制「蒙古新字」。蒙古新字是八思巴依照藏文30个字母创制的由41个字母构成的一种新文字，其语音拼读均按蒙语，后来蒙古新字又称八思巴蒙文。八思巴向忽必烈呈献蒙古新字后，忽必烈极为高兴，并于
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