成了山，没人批阅；案件积压成堆，没人审理。整个朝廷的运转几乎陷入了瘫痪。
太后没有急于填补这些空缺，而是借此机会，对朝堂的体制进行了一番改革。她裁撤了一些冗余的衙门，比如那些只拿俸禄不干事的清水衙门，合并了一些职能重叠的部门，比如把盐铁司和度支司合并为财政司，统一管理国家的财政收入和支出。
同时，她提拔了一批年轻有为的官员。这些官员大多出身寒门，没有背景，没有靠山，全靠自己的能力一步步爬上来的。他们没有世家大族的牵绊，没有盘根错节的关系网，对太后感恩戴德，忠心耿耿。他们成为了太后推行新政的中坚力量，也是太后在朝堂上的耳目和手足。
其中有一个叫杨文昭的年轻人，年仅二十五岁，出身贫寒，父母早亡，靠着给人抄书赚取学费，硬是考中了进士。他在翰林院当了三年编修，写了一篇文章论述漕运的弊端，被太后看到了，大为赞赏。太后破格提拔他为户部郎中，负责整顿漕运。杨文昭上任后，雷厉风行，查处了一批贪污漕粮的官员，改革了漕运制度，每年为国家节省了数百万两银子的开支。
还有一个叫陈子谦的年轻人，二十八岁，原本是江西一个小县的知县。他在任上清廉自守，断案如神，深受百姓爱戴。太后听闻他的名声，将他调入京城，任命为大理寺少卿。陈子谦上任后，平反了一批冤假错案，释放了被冤枉入狱的无辜百姓，赢得了“陈青天”的美誉。
在这次清洗中，赵秉钧也得到了重用。太后念在他查办张阁老一案有功，不仅恢复了他的官职，还提拔他为刑部尚书，掌管全国的司法大权。赵秉钧感激涕零
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