清洗行动完成后，沈确没有急于填补那些空缺的岗位。她用了整整一周的时间，与陈让、李博士、财务总监老刘、人力资源总监张琳等人逐一进行了深入的谈话，了解他们对集团现状的看法和对未来发展的建议。她听取了各方意见，权衡了各种利弊，然后在此基础上，制定了一套全新的组织架构和管理制度。
新制度的核心理念只有八个字——权力制衡，透明公开。按照新制度，集团的所有重大决策都必须经过至少两个以上部门的联合评估，形成书面报告后提交董事会审议。任何单项金额超过五百万元的支出，都必须经过财务总监和联席副总经理的双重签字审批。集团的所有采购招标信息，都必须在内部系统中公开发布，接受全体员工的监督。
这套制度出台后，在集团内部引起了不小的反响。有人觉得程序过于繁琐，会影响决策效率；有人认为这是必要的改革，可以有效防止权力滥用和腐败滋生；也有人保持中立，认为制度的好坏需要用时间来检验。但无论持哪种观点，所有人都不得不承认——沈确的改革决心，是前所未有的坚决和彻底。
在新制度的基础上，沈确还对集团的业务结构进行了一系列调整。她将集团旗下原本分散在各个子公司的研发资源进行了整合，成立了一个统一的中央研究院，由李博士担任院长，直接向董事会汇报。中央研究院的成立，使得集团的研发力量得到了最大限度的集中和优化，避免了重复建设和资源浪费。
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