正式认可了利玛窦的道路，并开始从全球视野，审视在中国传教事业的战略价值。源源不断的支持——包括更优秀的学者型传教士（如后来的熊三拔、邓玉函）、更多的学术书籍和仪器、以及更灵活的政策——开始向东方倾斜。
而在肇庆，利玛窦对那位“陈商人”的提示心领神会，开始着手实施。
他着手将欧几里得《几何原本》 翻译成中文。这项工作极其艰难，但他凭借惊人的语言和数学天赋，以及在一位名叫徐光启的、对西学充满狂热好奇的年轻举人（松江府人，后成为天主教徒，即徐保禄）协助下，艰难地进行着。在翻译和讲解几何公理、定理的同时，他有意无意地引用《周髀算经》 中的相关论述，指出其中朴素的几何思想，并用《几何原本》的严密体系加以阐发和提升，让中国士子感受到“西学中源，而西学更精”的震撼。
同时，他利用自己精湛的天文知识，开始秘密测算、验证《大统历》的误差。他发现，《大统历》对日月交食的预测，确实存在微小但持续的系统性偏差。他没有立即声张，而是将数据仔细记录，并开始研究其偏差的数学规律。他知道，这将是未来冲击钦天监权威、证明西历优越性的“重磅炸弹”，必须等待最合适的时机抛出。
他绘制的新版《坤舆万国全图》，在小心避开了某些敏感政治边界（如淡化葡萄牙对澳门的占据）后，被允许少量刊印。这幅地图在士大夫圈中引起了巨大轰动和争议。有人斥为“妄言”，有人惊为“奇书”，但无论如何，“天下”不止中国，中国只是“万国”之一的观念，如同一个悄无声息的思想病毒，开始在一小部分最富好奇心和冒险精神的中国文人心中萌芽。
利玛窦，这个孤独的、充满智慧的、背负着传教与求知双重使命的西方僧侣，在不知不觉中，已经成为林氏家族百年布局中，一枚至关重要、却又具有高度自主性的“明棋”。
他带来的，是文艺复兴后欧洲最精华的理性与科学火种。
他采用的，是林家暗中引导的、最易被中华士林接受的“学术化”、“合儒化”路径。
他瞄准的，是中华帝国知识体系最权威也最僵化的部分——历法与地理观。
而他身后，是耶稣会的全球资源支持，是美第奇家族等欧洲权贵的隐密关注，也是林家那只看不见的手，在信息、策略和关键时刻的“恰到好处”的提示上，给予的无声助力。
威尼斯，林砚收到了关于利玛窦进展、耶稣会战略调整、以及“陈商人”行动成功的汇报。
“种子已经播下，” 他对安德雷亚说，目光沉静，“利玛窦是最好不过的播种者。他虔诚，博学，有耐心，懂得尊重。他带来的，是西方经过文艺复兴洗礼后，最纯粹、也最具冲击力的‘理’与‘数’。这比我们直接投放任何‘异端’学说，都要有效，也安全得多。”
“他会成功吗？”
“成功的标准是什么？” 林砚反问，“让他归化万千百姓皈依天主？那是耶稣会的梦。让他彻底改变中华的学问根基？那是百年大计，非一人一时之功。对我们而言，他的‘成功’在于——让‘西学’这个符号，在中华士林心中，从‘奇技淫巧’、‘夷狄之术’，变成值得讨论、可以借鉴、甚至需要正视的‘学问’。 在于他在那堵名为‘天朝上国’的思想高墙上，凿出第一道清晰可见的裂缝。 在于，他吸引了像徐光启那样，真正有才华、有抱负、又对现状不满的年轻士人。”
他走到地图前，手指点在肇庆，又划向北京。
“利玛窦会去北京的。 他最终的目标，是紫禁城，是皇帝，是钦天监。他会带去他的地图，他的历算，他的道理。他会引发争论，会触动利益，会吸引信徒，也会招致攻讦。而这，正是我们想要的——混乱，争议，新旧的碰撞，保守与开明的撕裂。”
“当帝国的知识精英们，开始为‘地圆还是地方’、‘西历准还是中历准’而争吵不休时，” 林砚的声音带着一种冰冷的预见，“他们还有多少精力，去关注辽东深山老林里越来越响的打铁声？去警惕东海岛屿间越来越庞大的船帆影子？去察觉，自己脚下的土地，内部早已被党争、腐败、空虚蛀蚀得摇摇欲坠？”
“利玛窦的密码，不是他传递的教义，而是他带来的那一整套看待世界、解释世界、测量世界的全新‘语法’。**” 他最后总结道，眼中闪过一丝复杂的光芒，既有棋手落子后的冷静，也有一丝对文明碰撞本身的深沉感慨。
“而这套‘语法’，一旦被足够多的人学会、接受、甚至开始使用……那么，改写整个文明‘文本’的那一刻，就不会太远了。”
肇庆的春风，带着西江的水汽，吹拂着“仙花寺”窗前的利玛窦，他正伏案疾书，试图用最优雅的汉文，阐释欧几里得的第五公设。他并不知道，自己笔下的每一个汉字、每一个几何图形，都如同一枚枚微小的密码，正在悄然改写两个伟大文明未来交汇的轨迹，也正在为一场酝酿了百年、即将到来的滔天巨变，添加上最后、也最关键的一连串***。