无力把触角伸到遥远的远东，而另一个则空有世界第一的工业实力，却没有与之相匹配的军事实力。同样在关键时候帮不上忙。
所以对军事上规划可以说是这份奏折中最详细地了。
首先是各省新军的改制。严格新军兵员的选拔，就算是现有的新军也要重新考核，不合格地士兵和军官一律裁汰。改制后的旗营、绿营、团练等武装或裁汰。或转为卫戍军。别看简单两句话。其中工作量却是海了去了。尤其是大量复员的士兵，如果得不到妥善安置。必定对地方社会安定造成极大地冲击。这是个费力不讨好地事情，但不解决这个问题，强军就无从说起，四十多天地内战中，禁卫军那疲软的表现已经让方怀意识到了问题所在。
正所谓破而后立，在未来五年，不仅要将已具毛胚地新军打造成成品，还要建立起完善的军队培养体制。在这期间，将制定出一部《新军操典》和一部《海军章程》。《操典》和《章程》将仿效西方制定出严格的操训制度和考核标准，完善对士兵身体素质和战术素质的要求，像士兵身高必须达到一米六五以上，炮兵视力必须达到5.0以上，定文化程度。此外两部军事操典还将加入符合中国国情的军法内容，而不像以前各军各营都有自己的军法，好恶全由主官判断。这部军法将按照方怀的想法从严制定，坚决杜绝过去旧军队那些陋习。
为此还将在原来的基础上，将陆军院校增加到五座，分别是云南武备学堂、西北军事大学、黄埔军官学校、保定士官学校和京师陆军学院。其中，京师陆军学院由于在京师附近不便于操练（主要是炮兵训练经常把城里的官员给吓着了，引得群情激奋），将搬往上京奉天。至于海军院校也将增加一所，除了原来的福建船政学堂和位于吴淞的江南水师学堂，再增加了天津北洋水师学堂。除此之外，规划还预计在此期间仿效西方制定出第一部《兵役法》，正式确定义务兵役制。
而从此以后，军队将和文官系统彻底分开，武官将不再担任文职。并且确立军机处和兵部两大系统，军机处掌管军队调动、军队考核升迁问题，相当于后世的国防部加参谋部，而兵部则主要负责军队的后勤补给、武器装备的更新，相当于后世装备部的职能。
当然，方怀还有另外一个组织确保这些措施的实行，那就是青儒党的下属机构，青军会。这个机构是军队中的青儒党人吸收具有先进思想的青年军人所组成的，它并不是一个政府机构，看上去的作用也只是加深胞泽情谊，但方怀毫不怀疑它的巨大潜力。
除了军队体制的完善，国防设施的建设也是这份计划的重要内容之一。
海防方面，北洋水师将以渤海海峡为防御重点，威海烟台、旅顺大连两大海军基地将得到扩建，光旅顺的炮台就预计增加两百多门克虏伯海防炮。扩建后的两大基地都将成为亚洲乃至世界首屈一指的坚固要塞。这样就形成了护住心脏的两个拳头，在没有打败这两个拳头前。任何舰队都不敢深入渤海攻击北京这颗心脏。而实际上，只要防卫要塞地陆军不犯甲午战争那样不战而逃的愚蠢错误，又或者像俄**队那样孤立无援，这两个要塞几乎是不可攻陷的。此外，北洋水师还得到了原属南洋水师的镇海炮台，这里将成为北洋水师远洋作战的训练基地。可以预见，在不久的将来，北洋水师将纵横驰骋在东海乃至西太平洋上，目的自然是震慑英法的走狗日本。
而南洋水师的防卫重心则是台湾海峡。马尾、澎湖、基隆三位一体地防御体系足以屏蔽整个台湾海峡，这三地原本就有岸防炮台，这一次不过是把它们变成综合性的海军基地。它们的作用不仅仅是防御列强由此北上，还可以掐住日本的脖子。不
在还是将来，日本地生命线上，台湾海峡都是重要的外，越南省西哈努克湾的军港建设也会在三年内完工。到时，南洋水师就可以深入到北纬10度以南，直接威胁英国统治下的马来亚或许现在看起来中国还没有这个实力扼取两地。但或许在将来地某个时候，这种威胁将成为平衡局势的一个重要砝码。当然，这样的作用是不足以说服人的。所以西哈努克港在建成后几年地主要作用还是为海军远赴南洋训练提供一个基地。本来方怀还打算在缅甸毛淡棉修建军港。但被彭玉麟、李鸿章等人劝阻了。现在通行太平洋和印度洋的钥匙还把握在英国人的手中，舰队想自由通行只怕不是一件容易地事情。而且方怀也考虑还是不要过份刺激英国人。
至于陆上防卫方面，也是一南一北两大重点。南线是缅甸，好不容易把缅甸收复，就是要把它变成中国内陆地一道屏障，所以它地防卫自然要好好谋划一番。好在缅甸与印度交界的地区是由高大地若开山脉和深不见底的钦敦江河谷组成，这里是广袤的无人区，仅有两条道路可以通行。一条是从密支那出发经达加邦、欣贝延到达印度的的迪布鲁格尔，这条是茶马古道的原路，而在它南面的那条道路，是从曼德勒经葛礼瓦到达印度的锡尔杰尔。所以兵部拟定的奏对便是在印贝延和葛礼瓦附近的山口修建两座关卡，只要控制住了这两条道路，就等于控制了英军从陆上进出缅甸的大门。
而北面的防御就不像缅甸这样简单了，相比漠北和西北的旷野千里、无遮无拦，东北还算有险可守，况且不论是作为满族的龙兴之地的政治地位，还是其潜在的经济地位都不是西北和漠北可比，所以北面的防御重点就放在了东北。只是一年之间要上冻数个月的黑龙江和乌苏里江远不能成为阻挡俄军的天险，而平坦的东北平原正是俄国哥萨克骑兵自由驰骋的疆场。东北的防御是个综合性的措施，除了大范围堡垒要塞的修建，还要大规模的移民到这一地区，实现藏兵于民的战略。
只是从现在中俄两国的地图上看，东北就像是中国伸在俄国铡刀下的头颅，俄国仿佛随时能够割断它，而中国要想同时防住三个方向的进攻太难了。其实中国东北和俄国远东地区都是易攻难守，俄国固然可以从东、西、北三个方向进攻中国，中国同样可以轻易切断俄国远东地区同俄国西伯利亚地区之间的陆上联系。真正的区别是中俄之间的国力强弱，谁强谁就处于攻势地位，现在是俄国强，自然轮到的是中国苦恼。
迟早有一天，自己要兵出海兰泡，重夺这片土地，不说别的，就为了东北这个世界级的工业基地。东北是世界上少有的，煤、铁、、石油、有色金属储量都很丰富的地区，它还有广袤的黑土，能提供大量的农产品，而且它地靠沿海，周边有大连、海参威这样的良港，海运便利，地势又平坦，修建铁路和公路都十分便利。然而这样一个天赐的工业基地却时时刻刻处于别人威胁之下，这怎么不叫人恼火。更何况外兴安岭以南地区的黄金储量可是后世整个中国的四倍以上，在现在实行了金本位结算后，这意味着什么，不言而喻吧。
至于军事装备方面，九大兵工厂将逐步脱离各省各督的掌握，划归到工部的治下，而各个兵工厂也将开始实行独立核算，也就是说以后要换什么装备，都得拿钱来买。而要买哪一家的武器，那就看谁的东西价廉物美了。这样做自然是为了提高各兵工厂的能动性。
在用迫击炮和手榴弹的技术同克虏伯再换了一批设备，金陵机器局和汉阳兵工厂终于有了点小克虏伯的样子，或许是德国人为了照顾他的奥地利盟友，又或者出于其他目的，德国人在挣得大清的同意后，向奥匈帝国开放了迫击炮和手榴弹技术，而方怀当然不会介意奥地利人帮助中国在北方再建立一家兵工厂的诚意，毕竟奥地利波希米亚的斯科达兵工厂可是与德国克虏伯齐名的存在。最终，奥地利人选定的是山东机器局在山东聊城的一处厂房。
这样，大清就拥有了三家亚洲一流、在世界也排得上二流的军火工厂。汉阳兵工厂已经开始研究大清的第一代步枪，参照物自然是新军使用最多，技术也了解最深的老毛瑟，只不过德国人正在研究毛瑟方怀授意汉阳兵工厂总办蔡锡勇不妨与德国人联系联系，看能不能学习到些最新技术。至于金陵机器局，据说正在仿造马克沁机枪，历史上中国仿造的第一挺马克沁机枪诞生于1888，军也为时不远了。
未来五年，陆军的装备就以统一制式为主，中英战争期间，方怀已经深刻体会到使用“万国牌”武器给后勤带来的巨大负担，兵部几乎是用了与作战部队相同的后勤人员去配给各种不同型号的子弹和炮弹。而且不同制式的武器也加大了指挥人员的指挥难度，这在火力协同的时候尤其明显。所以这份由兵部制定的计划中，强烈提出了这个问题，并拿出了解决方案，轻武器方面，如步枪、机枪、手榴弹和迫击炮这些已经能够自制，挑选好一种型号后，接下去的问题不过就是扩大产量，难度在于火炮的选择，兵部倾向于价廉物美的格鲁森炮，方怀则更喜欢后世赫赫有名的克虏伯炮，最终双方妥协，在小口径的行营炮和山炮上采用格鲁森炮，而在大口径榴弹炮和加农炮上则采用克虏伯炮。