国防军服役。首先服役于陆军第九医疗辅助后备营。此后不久，主动要求进入党卫军，在1941年初进入了新建党卫军维京师，跟随部队东征苏联。在战斗中，门格勒获得了多次奖励和提拔。要不是负伤，不会像一年后这么臭名远扬。
1941年9月，因战伤离开维京师，在波兰奥斯维辛集中营担任军医。这个恶鬼作为人种生物学家，还负责执行一项异想天开计划。希望找出遗传和基因密钥，来培养出纯种、蓝眼睛金黄色头发高鼻梁雅利安人。
为此，在实验室里对二百对孪生儿做了试验，通过这种试验，门格尔认为可以使德国妇女生多胞胎，从而较快地为第三帝国提供公民。还用孪生儿和两千名儿童做试验，试图把们眼睛变成蓝色，头发变成亚麻色。和助手把颜料注入们眼睛，把三氯甲烷注入们心脏，拿刀和针刺们头盖骨和脊柱。
最为著名试验是关于眼球试验。门格尔将颜料注入孩子们没有麻醉过眼球，孩子眼睛大多因此失明，那种撕心裂肺疼痛自不必。据另一位集中营医生：1942年3月，当我来到吉普赛营地时，看到一张木桌上摆满了眼球。所有这些眼球都被贴上标签、编上号码。眼球颜色有淡黄色、淡蓝色、绿色和紫罗兰色。
还给一些人做了绝育或阉割手术。经过一系列试验，这些被称之为豚鼠\u201孩子就一个个消失了。
门格尔理论是：人和狗一样，都有谱系，有人在实验室里培养出了良种犬，我也能在里面培养出优良人种来。
门格尔杀人政策很古怪，例如在距地面150至156厘米地方划了根线，凡是身高不在这两根线范围内孩子一律被送进毒气室。几个匈牙利犹太少女被通上高压电流，电击而死；一位吉普赛少女在手术时昏迷，竞被切下了脑袋。
偶尔门格尔也亲自开开杀戒，天生有洁癖，而且还是个完美主义者。将那些皮肤上有斑点和小疤痕人统统送进毒气室。
门格尔给3000名犹太女人强行绝育，使用法本、拜耳公司刚刚研制出来且未经动物试验避孕药或毒剂在她们身体各个部位进行注射；大部分人随后又被杀害。
更令人恐怖是压力舱试验。犯人被关进一个压力舱，们呼吸情况被详细记录下来，直到断气为止。压力舱内巨大压力常常使犯人身体紧贴到舱壁上，要么窒息而死，要么肺部爆裂而死。
丽达无意间搜集到材料里，一些幸存者回忆起在奥斯维辛集中营，笑容可掬门格尔叔叔给们带来糖果和衣服。然后们就被带上了涂有红十字标志大卡车或者czza私人汽车，并被直接送往医学实验室。
门格尔堪称一条失去自制能力色狼。不仅千方百计地诱奸集中营中党卫军女护士、女看守，就连相貌出众女囚，包括犹太
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