两伊战争的起因错综复杂，既有长期的领土争端，宗教派系对立，又有民族纠纷和领导者个人恩怨掺杂其中。
领土问题是导致两伊战争的主要原因，这一问题包括两个方面：
一是阿拉伯河的边界划分问题。
二是波斯湾入口处3个小岛的主权归属问题。
长约100公里的阿拉伯河是伊朗和伊拉克南部的自然边界，这段边界原以该河伊朗一侧的浅水线为界，河流主权归属伊拉克，根据1914年双方划界委员会会谈纪要和1937年签订的边界条约，双方同意霍拉姆沙赫尔和阿巴丹两段共约11公里以该河深水线为界。
此后，伊朗一再要求以河流主航道中心线为边界线，并对阿拉伯河实行双方共管，伊拉克则坚决反对。
1975年3月，两国领导人就边界问题举行会谈并签署了《阿尔及尔协议》，当时处境困难的伊拉克同重按阿拉伯河主航道中心线划定两国河界。
伊朗也答应归还扎因高斯等4个地区约300平方公里的原属伊拉克的领土，并承诺不再支持伊拉克库尔德族的反政府武装斗争。
事后，伊朗迟迟不交割土地，伊拉克认为《阿尔及尔协议》是奇耻大辱，多次要求重划边界，均遭伊朗拒绝。
另一问题是1971年伊朗占领了波斯湾入口处的阿布穆沙、大通布和小通布3个小岛，并使之成为可以控制波斯湾出入航道的军事基地，伊朗的行动遭到海湾阿拉伯国家特别是伊拉克的激烈反对。
宗教矛盾是导致两伊战争的另一重要原因，伊朗和伊拉克同是伊斯兰教国家，两国的穆斯林多数属于激进的什叶派，但两国什叶派穆斯林在国家政治生活中的地位迥然不同。
1979年初，伊朗什叶派宗教领袖霍梅尼建立了以什叶派高级教士集团为核心的、政教合一的伊斯兰共和国，而伊拉克复兴党政府在政治生活中却努力使政教分离，削弱宗教势力，将宗教活动纳入政府控制的轨道，伊拉克的什叶派穆斯林虽然占国内人口的多数，但长期以来，却处于被统治地位，激进的什叶派对此十分不满，长期与政府进行对抗。
伊拉克和伊朗两国都有
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